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根是植物长期适应陆地生活而在进化过程中逐渐形成的器官，构成植物体的地下部分，它的主要的功能是吸收作用。通过根，植物可以吸收土壤里的水分、无机盐类及某些小分子化合物。根还能固着和支持植物体，以免其倒伏。根是由主根、侧根和不定根组成的，并且按根系的形态，可将植物分为直根系和须根系两大类，火龙果的根则以须根系为主。 
火龙果植株无主根，侧根大量分布在浅表土层，同时有很多气生根，可攀援生长。火龙果的根系入土非常浅，种植时不需挖深坑，可将表土垒成20厘米高的树盘，然后将苗木的根系及靠近根部3~5厘米的茎埋进树盘，覆上土壤即可；火龙果的主茎还会长出许多气生根，附着在石块、水泥支柱上，即使其根部断掉，植株依然可以靠这些气生根旺盛开花结果。因此，种植火龙果不会与农作物争地，可以种植在土层浅薄的山坡地、石山地。火龙果一年四季都可以定植，定植前在水泥柱周围挖3~4个20厘米x20厘米x10厘米的定植穴，穴内施放腐熟的有机肥，盖上一层薄土，然后定植火龙果苗。一般每穴定植1株苗。由于火龙果的根系是水平生长的浅根，无主根，侧根大量分布在土壤浅表层，故定植时以3~5厘米深度为宜。定植后浇1次水，以后保持土壤相对湿度在60%~80%即可。 
火龙果的主根不发达，但是其侧根及须根十分发达，其根在土层中横向分布的直径能够达到2米以上，形成比较大的根系。火龙果的根系分布比较浅，大部分根系都分布在3~20厘米深的土层范围内。根据火龙果根系的特点，在施肥管理时，与一般果树深施基肥的习惯不同，要以地表施入为主，以诱导火龙果产生大量表层根系。 
火龙果适宜根系生长的土壤温度在20℃~22℃之间，冬季土壤温度低于12℃根系无法正常吸水吸肥，植株会出现发根慢、生长停滞等情况。而且土壤温度过低，水分不易蒸发，容易引发沤根现象，不利于根系的生长。当地表土温高于38℃时，根系便可能受到高温伤害而不利于生长。 | 
