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嫁接辣椒之所以能够避免发生辣椒的土壤传播病害，主要是通过替换了栽培辣椒的根系，使病菌无法侵入栽培辣椒体内。由于嫁接本身并没有改变栽培辣椒的抗病基因组成，其自身的抗病能力仍然比较差，一旦栽培辣椒的茎上产生了不定根，并且不定根扎入土壤中，上壤中的病菌仍旧会从不定根中侵入栽培辣椒体内，从而引起发病。另外，如果田间管理粗放，栽培辣椒茎干上的伤口比较多，也会引起栽培辣椒的再次发病。因此，嫁接辣椒仍需要加强防病措施。 
嫁接辣椒加强防病的主要措施： 1、嫁接部位要远离地面。 2、地膜覆盖。 3、不大水漫灌。大水漫灌容易淹没根茎，使嫁接部位浸入水中，一方面容易诱发不定根，另一方面污水中的病菌也会直接从茎干的伤口中侵入栽培辣椒体内，引起发病。 4、及时摘除下部的老叶、病叶，减少病源。 | 
