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留种慈姑首先应在生长期间选择具有本品种特性的植株作为母株，经过冬季露地越冬后，于3月下旬挖起，并在这些母株上再选留具有本品种特性的，只形圆整、紧实和顶芽饱满的球茎作种。根据老农经验，慈姑应选择顶芽稍弯曲的球茎作种，是因弯曲顶芽生长成的植株不易疯长，并且早熟，其中苏州黄慈姑还应注意选择“ 短柄三道箍”。 
晚水慈姑因种植较晚，如将种茎留在田里不及时挖取则会发芽、生长，挖起后不及时栽种秧苗又会疯长至秋季不能作种。因此，在3月下旬挖起后还需再进行堆藏，具体方法是先在室内带泥堆放，厚30～35厘米，待种姑外泥略干可捏成团时，选一避风处泥地上作堆贮藏。堆高70～80厘米，底宽1.7～2米，长度不限，堆后在四周盖1层稻草，厚2～3厘米，草外糊河泥，让顶部敞开。1周后堆顶再铺泥块和草片，几天后当发现糊泥干裂后应再加1层泥浆，将裂缝糊死。待育苗时再取出。 为了保证大田用种，每亩应选择留种姑100千克左右。 | 
